结论：最适合改为“按仓库保存”的，是界面布局、侧栏/文件树状态和仓库工作上下文；这类数据应保存在本机 userData，以仓库为键，不建议写入仓库内 .mynote 或参与同步。

当前状态与后续建议

对应代码位置：

• 面板显示与仓库状态写入：shell.mts
• 面板尺寸采集与恢复：layout.mts
• 侧栏分区折叠状态：sections.mts
• 文件树展开状态与渲染：tree-view.mts，窗口内存状态集中在 state.mts。
• 仓库 UI 状态切换、恢复与收藏排序：workspace.mts
• 全局普通设置：workspace-state-store.ts；仓库 UI 状态校验与持久化：repository-ui-state-store.ts。

原方案重点处理的两个问题现已解决：

• expandedDirectories 仍使用仓库相对路径，但切换时先清空，再恢复目标仓库的展开目录，避免同名目录串状态。
• 全库搜索切换时先清理旧结果，再恢复目标仓库查询；异步结果按仓库校验，避免旧请求覆盖新界面。

已经按仓库记录的数据

这些目前基本符合预期：

• 已打开标签、活动标签、标签顺序、最近访问顺序、预览/固定状态、未保存正文：按仓库路径哈希保存恢复文件。
  • recovery-store.ts、store.mts
• 最近文件、文件收藏、大纲收藏：虽然放在应用的 workspace-state.json，但内部已经按仓库根路径分组。workspace-state-store.ts
• 切换仓库后继续同步、安全自动同步：已经按仓库记录。
• 仓库身份、同步基线、同步队列、托管路径和大纲索引：已经保存在仓库 .mynote 中。
  • local.ts
  • managed-path-store.ts
  • outline-index-store.ts

建议继续保持全局的数据

以下更像用户或设备偏好，不宜随仓库变化：

• 编辑器字体大小。
• 单击文件是否启用预览标签。
• 点击大纲后是否聚焦编辑器、导航是否跳转。
• 外部冲突工具路径和参数。
• 快捷键、系统全局热键。
• 同步服务地址、账号凭据、设备身份。
• 全局自动同步间隔。
• 最近仓库列表和上次打开的仓库。

预览面板不再保留单独的全局默认设置：首次打开新仓库时显示预览，之后按仓库恢复上次的实际显示状态。

当前存储模型

本机仓库 UI 状态已经独立保存，不再通过全局 localStorage 保存这些字段：

userData/
├── workspace-state.json          # 全局设置、最近仓库
├── repository-ui-state-v1.json   # 按仓库保存的界面状态
└── recovery/
    └── session-<仓库路径哈希>.json

repository-ui-state-v1.json 按仓库键记录如下状态；下例省略版本及诊断路径等外层元数据：

{
  "repositories": {
    "<repository-key>": {
      "panels": {},
      "layout": {},
      "sidebarSections": {},
      "fileTree": {
        "expandedPaths": [],
        "selectedPath": null,
        "scrollTop": 0,
        "showEmptyDirectories": true,
        "linkCurrentPage": true
      },
      "favoriteSortMode": "file",
      "workspaceSearch": {
        "query": "",
        "caseSensitive": false,
        "wholeWord": false
      }
    }
  }
}

替换文本不建议持久化，避免重新进入仓库时误操作。UI 状态也不建议放进 .mynote：它属于个人和设备偏好，不应被 Git 提交或同步给其他用户。

P0 实现结果

• P0 项目已经改为按仓库保存：面板显示、侧栏分区折叠、文件树展开目录、空文件夹显示、文件树关联当前页面、收藏排序，以及全库搜索内容和大小写/全字选项。
• 收藏的时间升降序和文件组织状态由同一个三态字段记录；切回文件组织也会立即写入仓库 UI 状态。
• 文件树关联入口已从全局设置对话框移到文件树标题栏的设置菜单；旧的全局 fileTreeLinked 字段直接丢弃，不做迁移。
• 切换仓库时先清除旧搜索结果，再恢复目标仓库的查询和选项；异步返回的旧仓库结果不会覆盖新仓库界面。
• 替换文本和替换面板展开状态不持久化。
• 状态文件使用规范化仓库绝对路径的 SHA-256 作为仓库键，并在记录中保留规范化路径用于诊断。
• 移除失效仓库或当前仓库时，同时删除对应的仓库 UI 状态。
• 旧版全局面板、侧栏分区和空文件夹偏好会一次性迁移到升级后首次打开的仓库；写入成功后清除旧 localStorage 键并记录迁移完成标记。
• Windows 当前用户的最终存储路径为 C:\Users\Administrator\AppData\Roaming\mynote-client\repository-ui-state-v1.json。
• 通用存储位置为 Electron app.getPath('userData')/repository-ui-state-v1.json；该文件在首次打开仓库或首次修改仓库 UI 状态时创建。
• 应用保存的 JSON 文档统一使用两空格缩进和末尾 LF，便于直接查看；逐行诊断日志仍保持每行一条紧凑 JSON 记录。

P1 实现结果

• 侧栏宽度、编辑/预览比例和大纲在宽屏/窄屏时的宽高，已经按仓库记录在 repository-ui-state-v1.json 的 layout 字段中。
• 文件树的当前选中项和滚动位置已经按仓库恢复；启用“文件树关联当前页面”时，活动标签仍会覆盖该选中项并自动定位，保持原有交互。
• 每个已恢复文档的光标、选区、编辑区横纵滚动位置、预览滚动位置和上次聚焦窗格，已经随仓库会话写入 recovery/session-<仓库路径哈希>.json。
• 旧版全局面板尺寸会一次性迁移到升级后首次打开的仓库；迁移成功后移除 mynote.panel-layout.v1，后续仓库从各自默认布局开始。
• Windows 当前用户的仓库 UI 状态路径仍为 C:\Users\Administrator\AppData\Roaming\mynote-client\repository-ui-state-v1.json；
  • 会话文件位于 C:\Users\Administrator\AppData\Roaming\mynote-client\recovery\session-<仓库路径哈希>.json。